Umirovljeni pukovnik Jack O'Neill ponovo biva aktiviran i pozvan na dužnost od strane generala Georgea Hammonda. Razlog aktivaciji je dolazak izvanzemaljaca sličnih bogu Ra kroz Zvjezdana vrata koji ubijaju nekoliko vojnika i otimaju jednu vojnikinju.
Pukovnik O'Neill priznaje da nije uništio Zvjezdana vrata na planeti Abydos nakon prve misije i da je Daniel Jackson živ i zdrav na Abydosu.
O'Neill se sreće sa svojim starim prijateljima s kojima je bio na prvoj misiji. Pridružuje im se satnica Samantha Carter, znanstvenica i stručnjakinja za Zvjezdana vrata. Zajedno odlaze kroz njih na Abydos kako bi doveli Jacksona kući.
Kroz vrata na Abydosu dolazi i Apophis, bog zmija, koji otima Danielovu ženu Sha're i njezinog brata i prijatelja pukovnika O'Neilla, Skaaru.
Ekipa odlazi na rodni svijet vojničke rase Jaffa zvan Chulak gdje otkrivaju da je Apofis izabrao Sha're kao svoju novu kraljicu i ona postaje domaćin za božicu Amonet. Oni pripadaju parazitskoj rasi po imenu Goa'uld. Sakupljaju životne oblike kroz Zvjezdana vrata i koriste ih kao domaćine.
Ekipa se sprijateljuje s jednim Jaffom, zvanim Teal'c, te saznaju da galaksija sadrži mnoga Zvjezdana vrata i da je to samo početak njihovih avantura.
Preživjeli se vraćaju na Zemlju i tamo se u SGC-u (kako je nazvana tajna ustanova u planini Cheyenne) osnivaju jedinice SG. Ekipu SG-1 čine pukovnik Jack O'Neill, dr. Daniel Jackson, satnica Samantha Carter i Teal'c. Njihova zadaća je istražiti brojne planete i pronaći nove tehnologije za obranu protiv Goa'ulda te spasiti Sha're i Skaaru.
