John Sheppard je bio bojnik u Američkom ratnom zrakoplostvu. Zbog gena koji mu omogućuje da upotrebljava tehnolohiju Ancienta dobio je zapovijed da otputuje u Galaksiju Pegaz sa Atlantis ekspedicijom pod zapovjedništvom doktorice Elizabeth Weir. Postao je glavni zapovjednik baze Atlantis nakon što su Wraithi ubili pukovnika Marshalla Sumnera.
Sheppard je bio smješten u zračnoj bazi McMurdo na Antarktiku zbog nepoštivanja zapovjedi u prošlosti. Kasnije je bio dodjeljen timu generala Jacka O'Neilla koji je posjetio ostatke postaje Ancienta. Tamo je otkrio da posjeduje rijetki gen koji mu omogućuje da upotrijebi tehnologiju Ancienta. Doktorica Weir je nagovorila O'Neilla da dopusti Sheppardu da ostane u timu bez obzira na njegov dosije iz vojske.
Jedan zadatak Shepparda je odveo na planet Athos gdje je trebao nabaviti dodatne Z.P.M.-ove koji će služiti za napajanje Atlantisa. Na planetu je susreo vođu Athosiana, Teylu Emmagan i njezine ljude te od njih saznao za Wraithe, koji su jednom davno porazili Anciente. Sheppard je bio odgovoran za buđenje wraithske civilizacije nakon što je ubio Čuvara Wraitha.
Nakon uspješno obavljene obrane Atlantisa od prvog velikog napada Wraitha, Sheppard je na Zemlji promoviran u pukovnika.
