General bojnik Bauer bio je zamjena na čelu zapovjedništva S.G.C.-a nakon što je general Hammond smijenjen. Nakon njegovog dolaska on je promjenio politiku S.G.C.-a te se više okrenuo osvajanju nego istraživanju. Njegov interes je bio da istraži sve vezano za naquadah, pogotovo kada se pojača sa nuklearnom bombom.
On i Jack O'Neill nisu dobro započeli svoj odnos jer je Samanthu prebacio na istraživanje naquadah bombe, a Jackson je postao običan savjetnik. Teal'ca je preselio u SG-3 tim s ciljem da nabave što više naquadaha.
Nakon što je nabavio dovoljno naquadaha sa P3S-452 , detonirao je bojevu glavu na udaljenom planetu sa minimalnim oblicima života u blizini Zvijezdanih vrata. Rezultat je bio da se cijeli planet pretvorio u super vruću plazmu, što je skoro uništilo Zvjezdana vrata na Zemlji.
Vjerovalo se da je Bauer bio marioneta N.I.D.-a sa ciljem da uvede stroži vojnički pristup, ali nakon incidenta sa naquadah bombom, Hammond je vraćen na mjesto zapovjednika S.G.C.