20. The Last Man (Posljednji čovjek)

Nakon još jedne bezuspješne potrage za Teylom Sheppard se vraća na Atlantis te otkriva kako je grad sparno vruć, sasvim napušten i okružen beskrajnom pustinjom. Sheppard je zatečen kad ga dočeka hologram Rodneya McKaya (izgledom stariji McKay) koji mu zaželi dobrodošlicu u budućnost. Solarna baklja se ispreplela sa Zvjezdanim vratima, uzrokujući to da je poslala Shepparda 48,000 godina unaprijed. On je sada možda zadnji živući čovjek u svemiru.

Sheppard je zaprepašten, pogotovo kad mu hologram McKay kaže što se dogodilo u prošlosti kada je on nestao. Michael je ubio Teylu i upotrijebio njezino dijete za genetska istraživanja. Vojska njegovih hibrida proširila se galaksijom, istrebljujući sve Wraithe i ubijajući ljude koji mu nisu htjeli služiti kao dobri hibridi. Carter i Ronon su herojski poginuli dok su se borili za pravedne ciljeve. Carter je ubijena u epskoj svemirskom bitci, a Ronon je ubijen zajedno sa Toddom za vrijeme napada na jedno od najvećih Michaelovih postrojenja.

Tada je I.O.A. stavila Richarda Woosley za zapovjednika Atlantisa. Ostavljajući samo malobrojan tim za proučavanje samog grada, birokracija je dopustila Michaelu da dominira ostatkom galaksije. Ogorčeni, McKay i Keller se vraćaju na Zemlju. Zaljubljuju se, ali njihova sreća je kratkog vijeka. Keller umire od bolesti koja je nastala kao direktna posljedica izloženosti Hoffan drogi, čije širenje Pegaz galaksijom je zaustavila. Nakon njene smrti, McKay, pogođen bolom posvetio je 25 godina samo jednom cilji, da dovede Shepparda kako bi on ispravo vremenski pravac.

McKay je sam napravio svoj hologram koji će pozdraviti Shepparda te ga zatvoriti u stazu kako bi ga spasio od starenja prateći pogodan trenutak kada bi solarna baklja mogla Shepparda vratiti natrag u njegovo vrijeme. Plan je riskantan, napajanje bi moglo prestati prije nego prava solarna baklja naiđe. Ako nestane napajanja, Sheppard riskira da zauvijek ostane na ovom Atlantisu. Također, hodnik koji vodi do kapsule zatrpan je pijeskom. Sheppard do kapsule može jedino s vanjske strane Atlantisa, a diže se pješčana oluja. On jedva preživi. Vrativši se unutra, jedva prati McKaya do kapsuleza stazu. Hologram McKay mu govori lokaciju gdje je Teyla bila zatočena i ubijena. Tada McKay zatvara Shepparda u kapsulu i čeka.

U prošlosti, dvanaest dana nakon Sheppardovog nestanka, on se vraća nazad na Atlantis kroz Zvjezdana vrata. Plan McKaya holograma je upalio. Kada Sheppard uspije uvjeriti tim da je to baš on, vodi ih do postrojenja gdje bi Teyla mogla uskoro umrijeti. Na žalost, Teyle nema tamo, a mjesto je natopljeno krvlju. Kako se zgrada počinje rušiti oko njih, izgleda da je nakon svega Sheppard zakasnio.