Novi Atlantis SPOILERI

2x01 The Siege Part 03
Na početku epizode, bojnik Sheppard (koji namjerava izvršiti samoubojstvo kako bi uništio Wraithovski brod) biva spašen. Nakon toga upoznajemo iduću generaciju zemaljskih svemirskih brodova Daedalus i njegovog zapovjednika pukovnika Caldwella.

Ekipa Atlantisa mora brzo podignuti štit jer im prijeti smrt od strane gomile Wraithskih strelica koje im se približavaju. A osim toga, saznaje se da su ona tri Wraithovska broda iz prethodnih epizoda samo prokursor, na putu je prava flota koja samo što nije stigla. A uz sve to, poručnik Ford je nestao, a kad ga Sheppard pronađe, saznaje da je nekako dobio posebne sposobnosti, pojačana osjetila i nadljudsku snagu.

2x03 Runner
Sheppard i Ford imaju još jedan obračun nakon The Siege Part 03. Ne žele ubiti jedan drugoga, ali se ipak obračunaju, a kao ishod Ford biva ustrijeljen te pobježe što je uvod u iduće epizode.

2x?? Aurora
Ekipa pronalazi negdje izvan Atlantisa svemirski brod Auroru punu Ancientsa.

2x10 The Lost Boys
Ford se vraća sa svojom ekipom "nadljudi", ovisnika o Wraithskom enzimu, među kojima su Kanayo, bivši špijun Geniia i vođa odreda ubojica Wraithova i Jace, znanstvenik koji si je pojačao mozak tako da može razumjeti jezik Wraithova te pomaže McKayu dešifrirati Wraithske podatkovne diskove.

U epizodi se saznaje da Wraithi imaju unutarnjih problema: puno ih je, a hrane je malo. Wraithi se počinju izolirati jedan od drugoga zbog straha da možda još netko osim Teyle ima telepatske sposobnosti te može pristupiti njihovoj psihičkoj mreži. Također će se saznati još o Geniiskoj špijunskoj mreži. Na kraju Ford zarobljava Sheppardovu ekipu te ih prisiljava na samoubilački napad na Wraithski brod.